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倍性与基因组大小检测

倍性与基因组大小检测

产品描述
案例解析
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送样须知
Q&A

  植物多倍性是高等植物细胞内染色体进化的显著特征,有效的倍性鉴定是了解其遗传背景及发育研究的基础。而基因组大小或称C值(C-value)是指真核生物单倍体基因组所含的DNA总量,具有物种相对特异性和稳定性,是生物基因组多样性的基本参数。目前较快速且有效地鉴别植物倍性及基因组大小的方法是采用流式细胞仪(FCM)测定法,FCM可检测植物细胞核DNA含量,其中G0/G1期的DNA含量可间接反映该细胞的倍性水平。

 

1

 

       服务内容

服务项目内容

客户提供材料(10个样本以内)

服务周期

倍性流式检测

植物名称、种属、同源标准株等

1-3个工作日

植物基因组大小检测

植物名称、种属、同源标准株等

1-3个工作日

数据分析

/

1-3个工作日


  

持续更新中,敬请期待...

1

 

样本名称

P3峰荧光均值(MFI)

待测/参照的MFI比值

基因组大小

标准株

32350

/

488M

待测品

64228

2

976M

 

  待测样本DNA含量/倍性=待测样本(G0/G1)期的MFI/参照样本(G0/G1)期的MFI*参照样本DNA含量值/倍性

 

植物倍性/基因组评估

样本类型

样本要求

注意事项

细胞

培养中的细胞

培养瓶内加满细胞培养液,拧紧瓶盖,封口膜封口

市内运送请保持4℃(若是冰袋,需做好物理隔离,避免冻住),2小时内送至我方实验室;若寄送样本,只能是冻存细胞,干冰运输

细胞悬液

对数生长期的贴壁细胞经胰酶消化成(或悬浮细胞不经胰酶)单细胞悬液、PBS洗涤后,进行活细胞计数,活力>80%,调整细胞浓度为(1-10)×106细胞/mL

冻存细胞

 

干冰寄送

血液

全血

抗凝全血(体积需根据具体检测项目类型进行沟通),确认血液无凝血、无溶血

1.若需检测胞内细胞因子,抗凝血建议使用肝素抗凝管,避免使用EDTA抗凝管;
2.血样的运送过程中,避免剧烈碰撞,避免温度急升急降,保持在4℃环境(若是冰袋,需做好物理隔离避免血样冻住),24h内送至我方实验室;
3.若无法立即检测,需冻存,不能直接全血冻,需分离PBMC后再冻存;冻存样本需干冰运输。

血浆/血清

静置或离心全血,取上清200-1000μL于EP管中,编号冻存(-20℃保存一个月,-80℃保存3个月左右)

PBMC

裂红液裂红或者淋巴分离液分离获得PBMC,冻存

其他液体(如腹水、脑脊液、培养细胞上清等)

细胞水平流式

离心富集细胞、清洗、重悬、活细胞计数,活力>80%,调整细胞浓度为(1-10)×106细胞/mL

市内运送请保持4℃,2小时内送至我方实验室;若寄送样本,只能是冻存样本,干冰运输

液相细胞因子检测

离心后,收集上清200-1000μL于EP管中,编号冻存(-20℃保存一个月,-80℃保存3个月左右)

组织样(脾、淋巴结、肺、皮下瘤等)

新鲜组织不小于0.5cm ×0.5cm ×0.5cm,剔除坏死组织并清洗干净血液;组织保存液保存,保持在4℃环境(若是冰袋,需做好物理隔离避免组织冻住),48h内送至我方实验室

1.新鲜组织样就地取材,1h内尽快使用保存液进行保存;
2.若样本48h内无法进行检测,需冻存,不能直接冻组织,需自行处理成单细胞悬液后,冻存,干冰运输

植物样本

1.新鲜幼嫩叶片最佳,根茎亦可;
2.可整株低温寄送;
3.若为野外采摘,用湿滤纸包裹4℃运输;
4.若为寄生培养植株,建议带盆整株低温运输;
5.除了待测目标样本,做倍性必须送同源近亲物种做参照样本;
6.做基因组大小检测需提供已知基因组大小的同源近亲物种做参照,也可提供已知且稳定的基因组大小物种做参照,如拟南芥等。

针对植物倍性和基因组大小流式分析检测,分选不涉及

  Q1:你们能做流式吗?

  A1:流式分析和流式分选都可以做。我们有高配置的2台流式分析仪,一台流式分选仪。

  Q2:怎么预约仪器?

  A2:流式检测实行网上注册预约,网址为http://113.57.167.115:8081;先注册课题组(不是个人)。公司需写全称,学校写校名全称+院系/科室+课题组名字;审核激活后,可直接用课题组账号提前一周在网上预约仪器(流式分析是cytoflex S/LX分析型流式细胞仪两台,流式分选是Moflo分选型流式细胞仪),也可以添加个人账号预约仪器。

  Q3:没有做过,能帮忙培训吗?

  A3:可以的,预约后准点到达实验室,联系我们进行仪器操作培训1-2次。后续您可以用模板自己上机。

  Q4:怎么计费,结果如何交付?

  A4:按需预约,按时上机,按实际使用机时计费,15min为计时单位。检测结束后,格式化的光盘/U盘/硬盘自行拷贝,第三方软件自行分析。

  Q5:流式分选样本如何准备,有什么要求吗?需要自带什么试剂耗材?

  A5:样本处理和染色过程在需在无菌环境操作,并尽量低温保证细胞活性。上样前必须无菌过滤(有偿提供带滤网流式管);收集分选细胞的试管或多孔板也要无菌,最好10%小牛血清封闭4度过夜,使用前弃去;推荐细胞重悬在培养基/生理盐水/PBS,若加血清,含量不能超过2%,以免堵塞喷嘴;分选时需自行携带无菌枪头、 已加好培养液/接收液的接收管/板(足量)、备用培养液/接收液前来分选。

  Q6:细胞大概有10的7次方,需要分选多长时间?

  A6:尽量浓缩分选的起始样本,推荐样本中细胞浓度<1 x 107/ml,不足1 x 107/ml,重悬至300-500ul,若为2 x 107/ml,重悬至2ml,以此类推;1ml需要分选30分钟左右。

  Q7:能分选到10的5次方目的细胞吗?

  A7:这个需要看您的起始准备细胞量和目的细胞比例,以及仪器分选时的效率来大概估算。比如说需要获得的细胞量 A ,分选效率B,目标细胞比例C,大致推算起始细胞量D为A/(B×C)。

  Q8:流式分选的上样管、接收管、接收液推荐用什么?接收液体积该加多少?

  A8:上样管仅支持流式管,上样前必须无菌过滤(有偿提供带滤网流式管);接收管支持pcr管、1.5ml/15ml/50ml离心管、6-1536孔板、玻片;接收液必须加,可用培养基、下游实验需要的缓冲液等。

  Q9:那接收液体积该加多少?

  A9:接收液体积按目标细胞接收量(如目的细胞能收集10的5次方,15ml 离心管建议加5ml接收液;96孔板收集单细胞,建议加100-200 ul 接收液)、下游检测目的(如Smart-Seq只需微量接收体系接收;若有细胞数量和体积要求,可大致按1000个微滴5ul)。

  Q10:样本特别多,流式分析可以用96孔板上样吗?

  A10:可以的,我们配备的Cytoflex LX这台除了6激光23个滤光片的高配置外,还加载了96孔板上样器,能兼容流式管、96孔平底板、U型板、V底板。可解放您的双手,节省您的上机时间。

  以上为委托检测。整体流式项目(从给样到结果交付)需具体咨询,一项一议。

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