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目标区域捕获测序

目标区域捕获测序

产品描述
案例解读

  目标区域捕获测序(Targeted Sequencing) 指利用特制的探针对客户感兴趣的蛋白编码区域DNA或某段特定序列进行捕获、富集后进行高通量测序的基因组研究策略。其优势是区域集中,数据量小,成本较低,深度高和覆盖度广。有选择性(目标序列捕获)的深度测序是目前基因组研究的明智选择。目标区域捕获测序已广泛用于寻找候选区域的未知SNP、InDel及疾病易感位点的研究。

 

  技术路线

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  技术参数

 

样本要求

测序策略

交付周期

样品类型: 基因组DNA 
样品浓度: ≥20 ng/μg(Qubit定量) 
样品总量: ≥30μg(3次建库总量,不包括样品检测损Qubit定量) 
样品纯度: OD260/280为1.7~2.2 
电泳要求: 主带清晰,或轻度降解,无严重RNA、蛋白质污染(距送样日最近的电泳结果) 

测序模式: Illumina/MGI/ 双端测序
≥ 200-1000X,一般疾病或肿瘤研究
≥ 10000X,ctDNA研究等

探针定制60天
测序分析45天

 

  产品优势:

  a.高性价比:针对感兴趣的区域及相关基因进行研究,非常适合大样本量及高测序深度的研究;

  b.高精确度:针对特定区域的研究,得到更深的覆盖度和更高的数据准确性,更易检测罕见变异;

  c.多平台选择:针对高复杂度、多重复目标区域,可提供Pacbio三代测序解决方案。

  案例一  目标区域测序寻找围产期心肌病的遗传基础

 

  研究背景:

  围产期心肌病是发生在妇女分娩前、后,以心肌病变和充血性心力衰竭为主要表现的心脏病变,其发病机制尚不明确。但围产期心肌病的一些临床特征为特发性扩张型心肌病所共有。

 

  研究结果:

  在172个围产期心肌病患者中找到26人携带低频和功能丧失性突变,分布在8个基因中。功能丧失性突变在围产期心肌病患者中的发生频率(15%)与扩张型心肌病患者情况(17%)相似,而与正常人群的功能丧失性突变有显著的差异(4.7%)。17人携带TTN基因的截短突变,发生频率远高于正常人群(1.4%),其中有7个TTN基因突变在之前的特发性扩张型心肌病中有所报道。在对83个围产期心肌病患者的后续临床观察发现,TTN截短突变携带者的左心室射血分数显著低于其他患者(P=0.005)。

 

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图1. 围产期心肌病、扩张型心肌病、和正常对照携带的TTN基因突变的分布

 

  研究结论:

  功能丧失性突变在大样本围产期心肌病患者中的分布情况与其在特发性扩张型心肌病患者中的明显相似。而TTN截短突变在这两种心肌病中都是最常见的遗传可能病因。

 

  案例二  根据目标区域测序获得的分子标记,对多发性内分泌瘤2A型进行胚胎移植前基因检测

 

  研究背景:

  MEN2A患者子代50%患病,甲状腺髓样癌管理指南建议所有RET突变携带者都应在生育年 龄进行基因检测,避免MEN2A表型传递给下一代的可能。胚胎移植前基因检测(PGD)通常是指从体外受精的胚胎取部分细胞进行基因检测,将排除致病基因、诊断无遗传病的胚胎移植入子宫,从而防止有遗传病患儿的妊娠。PGD是一种比较成熟的检测方法,然而传统PGD的复杂性及高费用限制了它的应用。

 

  研究结果:

  一个MEN2A家系的外周血(先证者,先证者妻子,先证者父亲)、胚叶细胞(来源于先证者与先证者妻子人工授精的胚胎)。测序数据下机后,三个样本平均获得58.59Mb的原始数据,覆盖99.39%的目标区域,平均测序深度为63.35x,共检测出1322个变异。

 

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  SNP分子标记的筛选原则:先证者中杂合,先证者妻子及先证者父亲纯合的标准,在1322个变异中,筛选出173个候选标记,其中107个在基因上游,66个在基因下游。根据孟德尔遗传分析,明确了两个父亲的单倍型F1(携带致病突变)和F2(正常型)。并通过单倍型分析,最终确定3个来源于F1的致病SNP标记和4个来源于F2的正常SNP标记。将得到的7个SNP标记及RETC634Y突变用于胚胎(胚叶细胞)检测,结果表明各胚胎的单倍型来源均可以区分,其中1号和3号胚胎均携带致病突变(affected),而2,4,5,6号胚胎未携带致病突变(unaffected)。

 

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  研究结论:

  该检测方法较传统的PGD检测操作简单,且费用相对较低。

 

  参考文献:

  1. Ware J S, Li J, Mazaika E, et al. Shared genetic predisposition in peripartum and dilated cardiomyopathies[J]. New England Journal of Medicine,2016, 374(3): 233-241.

  2.Chen, Songchang, Li, et al. Preimplantation Genetic Diagnosis of Multiple Endocrine Neoplasia Type 2A Using Informative Markers Identified by Targeted Sequencing[J]. Thyroid: official journal of the American Thyroid Association, 2018, 28(3):281-287.

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