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长链非编码RNA测序

长链非编码RNA测序

产品描述
案例解读

  lncRNA是一类长度大于200bp,不编码蛋白的RNA,广泛存在于生物体内。lncRNA在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。lncRNA测序是一种使用特定方法降低样本中rRNA的丰度,对富集到的RNA进行文库构建测序,再对数据进行信息分析的研究方法。lncRNA测序可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息,对lncRNA的类别、功能进行全方位的深入分析,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关lncRNA信息。

 

  技术路线:

1

 

  技术参数:

 

样本要求

测序策略

交付周期

样品类型: Total RNA
样品浓度: ≥100 ng/μl
样品总量: ≥5 μg
样品纯度: OD260/280为1.8~2.2
OD260/230为1.8~2.2
RIN≥7

测序模式:Illumina/MGI/PE150
测序深度:10G /12G clean data

45天

 

  产品优势:

  a.性价比高:一个文库即可获得mRNA、lncRNA两种RNA信息;

  b.全程解决方案:一站式上游测序加下游功能验证与咨询服务;

  c.全面的服务内容:标准分析,高级分析和多组学关联分析一应俱全。

 

  案例一  玉米中lncRNA的特点及鉴定

 

  研究背景:

  lncRNA在真核生物中在多层面对基因表达起到重要调控作用,但是目前在玉米中lncRNA的数量、特点和表达的遗传模式在很大程度上仍然是未知的

 

  研究内容:

  通过分析玉米EST、全基因组、RNA-seq等数据,从中预测到20163个lncRNAs,推测其中90%以上可能是小RNA的前体,1704个为高度可信的lncRNAs。13个不同的组织和105株玉米重组自交系的RNA-Seq数据结果显示,lncRNAs具有较强的组织特异性。本研究提供了一个独特的玉米基因组注释资源和玉米lncRNAs全基因组特征,并利用eQTL分析得到玉米lncRNA表达模式的遗传规律。

 

  研究结果:

  研究发现高度可信的1704个lncRNAs平均长度463 bp,并且与功能基因相比,lncRNAs所包含的外显子更少,81%只含有一个外显子。

  在13个组织和105个RILs材料中RNA-seq结果显示,这些lncRNAs的50%以上具有组织表达特异性。

  通过eQTL定位分析发现,玉米的lncRNAs更多受到trans调控而非cis调控。

 

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图1. lncRNA在玉米的10条染色体的分布

 

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图2.玉米种lncRNA eQTL定位情况

 

  案例二  PVT1通过DNA甲基化抑制miR-18b-5p促进胆囊癌增殖

 

  研究背景:

  胆囊癌(GBC)是最常见的胆道癌,由于缺乏早期诊断、异常的侵袭性、化疗耐药性,导致其整体预后较差,5年生存率为5-10%。随着测序技术的快速发展,一种长度超过200个核苷酸的新型调控基因——长链非编码RNA(long noncoding RNAs, lncRNAs)已被公认在生理和病理发育中发挥着重要的生物学作用。近年来,越来越多的证据表明lncRNA的失调参与了癌症的进展。

 

  研究内容:

  新的lncRNA PVT1作为致癌基因在GBC的进展中发挥重要作用。PVT1在GBC组织和细胞中表达上调,其上调与GBC患者预后不良相关。PVT1促进GBC细胞增殖,增加裸鼠的致瘤性。此外,通过miRNA微阵列芯片分析筛选出PVT1下调的miR-18b-5p。机制上,PVT1通过EZH2招募DNMT1促进miR-18b-5p DNA启动子甲基化,然后抑制其表达。

 

  研究结果:

  lncRNA PVT1在GBC组织和细胞中表达上调,PVT1的高表达与GBC患者的预后相关。PVT1基因敲低抑制了GBC细胞体外和体内增殖。此外,PVT1通过EZH2招募DNMT1促进miR-18b-5p的DNA启动子甲基化,进而减轻miR-18b-5p对HIF1A的抑制作用,最终介导GBC进展。

 

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图1:miR-18b-5p下调HIF1A,促进体外GBC细胞增殖

 

  参考文献:

  1. Li L, Eichten S R, Shimizu R, et al. Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs[J]. Genome Biology, 2014, 15(2):R40.

  2.Jin, L., Cai, Q., Wang, S. et al. Long noncoding RNA PVT1 promoted gallbladder cancer proliferation by epigenetically suppressing miR-18b-5p via DNA methylation[J]. Cell Death Dis 11, 871 (2020).

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