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ChIP-seq

产品描述
案例解读

  染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq)是指利用染色质免疫共沉淀技术特异性的富集与目的蛋白结合的DNA 片段,分离纯化出DNA 片段后构建文库并进行高通量测序。通过ChIP-Seq可将测序得到的数百万条序列标签精准的定位到参考基因组上,在全基因组范围内定量获取与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA 区域信息,分析疾病相关表观遗传变异。

 

  技术路线:

1

 

  技术参数:

样本要求

测序策略

交付周期

样品类型: DNA样品
样品浓度: ≥10ng/μl
样品总量: ≥100ng

测序模式:Illumina/MGI PE150/SE50
测序深度:10/20M clean reads

45天

 

  产品优势:

  a.微起始量建库技术,建库起始量低至5ng;

  b.除了标准分析和高级分析,提供定制化分析服务

  案例一  小鼠胚胎干细胞中SETDB1独立调节H3K9三甲基化过程中发育相关基因PRC2活性

 

  研究背景:

  SETDB1是一种负责甲基化H3赖氨酸9(H3K9)的甲基转移酶,并参与维护胚胎干细胞(ES)和早期胚胎发育的小鼠。然而,在发育过程中SETDB1如何调节基因表达,很大程度上是未知的。

 

  研究内容:

  研究首先用ChIP-seq对H3K9me3做了4个重复,结合前人的SETDB1 ChIP-seq 实验数据进行比对,得到了两种SETDB1 peaks位点:solo peaks和ensemble peaks。对solo peaks位点靶基因进行GO分析,发现大部分基因富集在神经发育调节功能中,而这部分基因又与核心蛋白复合体(PRC2)相互关联。PRC2结合位点附近一般伴随着丰富的H3K27me3修饰,H3K27me3修饰会抑制SETDB1修饰H3K9me3。通过SETDB1敲除,发现H3K27me3减少,神经分化得到促进。

 

  研究结果:

  1. 研究通过比对先前的SETDB1 ChIP-seq数据,发现peaks有两种类型solo peaks和ensemble peaks;

  2. SETDB1 solo peaks 靶基因富集在发育调节通路;

 

1

SETDB1 solo peaks GO分析和验证

  3. 部分SETDB1 solo peaks位点与PRC结合位点重叠;

  4. H3K27甲基化抑制SETDB1介导的H3K9me3修饰;

  5. SETDB1与EZH2修饰H3K27甲基化间的相互作用。

 

  参考文献:

  Fei Q, Yang X, Jiang H, et al. SETDB1 modulates PRC2 activity at developmental genes independently of H3K9 trimethylation in mouse ES cells [J]. Genome Research, 2015, 25(9):1325-1335.

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