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甲基化测序

产品描述
案例解读

  基因组甲基化测序(Bisulfate Sequencing, BS-seq)是指利用重亚硫酸盐对全基因组DNA 进行处理,可使未甲基化修饰的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶碱基,然后利用高通量测序在全基因组范围内检测所有的甲基化位点,绘制单碱基分辨率的DNA 甲基化图谱。通过全基因组甲基化测序可以全面了解胚胎发育、衰老、疾病过程中表观遗传差异的作用机理,为相关研究提供指导。

 

  技术路线:

1

 

  技术参数:

样本要求

测序策略

交付周期

样品类型: DNA样品
样品浓度: ≥50ng/μl
样品总量: ≥5μg

测序模式:Illumina/MGI PE150
测序深度:30-50X

45天

 

  产品优势:

  a.低起始量建库技术: 建库起始量低至50ng;

  b.重复性好: 多样本的覆盖区域重复性好,适用于多样本间的差异分析;

  c.检测范围广: 覆盖全基因组范围内每一个C碱基的甲基化状态;

  案例一  DNA甲基化导致基因组上转录因子结合位点丢失

 

  研究背景:

  肿瘤发生往往伴有DNA甲基化模式异常。特定的甲基化模式往往和特定的DNA突变相对应。急性早幼粒细胞白血病(APL)疾病进程中甲基化变化一直没有明确的研究结果。

 

  研究结果:

  原始甲基化水平数据可以将样本聚类为两类APL患者和复发患者与其它样品这两类。同时,RRBS的结果和甲基化芯片结果具有很好的相关性(图1)。

 

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图1. 基于甲基化水平测序原始数据聚类图显示样品的聚类情况

  2. APL患者整体甲基化水平偏高,但染色体末端甲基化程度降低。

  3. PML-RARalfa结合位点并不一定是甲基化水平差异位点,预测是PML-RARalfa的结合保护了结合位点被过度甲基化。

  4.小鼠和细胞实验表明,白血病发病和表型的晚期事件和甲基化变化存在紧密关联。

 

  研究结论:

  APL疾病发生伴有DNA高甲基化和整体甲基化水平变异增加,同时染色体末端区域存在甲基化水平降低。APL疾病,部分基因组因为DNA甲基化免于被促癌转录因子的结合,如PML-RARalfa。PML-RARalfa引发白血病发生与甲基化水平改变事件是相互独立的。

 

  参考文献:

  1. Schoofs T, Rohde C, Hebestreit K, et al. DNA methylation changes are a late event in acute promyelocytic leukemia and coincide with loss of transcription factor binding.[J]. Blood, 2013, 121(1):178-87.

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