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单细胞多组学ATAC+基因表达

单细胞多组学ATAC+基因表达

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案例解析
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送样须知
Q&A

  该技术将ATAC与转录组测序结合起来通过表观基因组和基因表达谱的综合分析来鉴定复杂的细胞群体,并发现细胞异质性,从而发现隐藏的信息。将调控元件的发现与基因表达相结合,探索驱动细胞分化、发育和疾病的基因调控相互作用。

 

  样本类型

  组织、单细胞悬液、细胞核悬液;

 

  实验流程

 

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单细胞多组学ATAC+基因表达实验流程图

 

  应用方向

  a.生物标志物发现;

  b.细胞谱系和发育程序追踪;

  c.细胞异质性以及稀有细胞群体的检测;

  d.基因调控网络;

  e.对治疗干预的反应。

 

  产品优势

  a.在每个通道中高效分配500-10,000个细胞核,每次运行最多可分析80,000个细胞核 ;

  b.可扩展,最多可平行运行8个样本;

  c.细胞核回收率高达65% ;

  d.高灵敏度;

  e.微流体双重率低(每1,000个细胞核低于1%);

  f.适用于细胞系、原代细胞、新鲜和冻存样本的研究。

  案例一  新谱系模糊急性白血病的一个亚型机理探究:增强子劫持BCL11B

  谱系不明的白血病是遗传基础尚不清楚的高危恶性肿瘤。研究者描述了一个不同的急性白血病亚群,该亚群表达骨髓、T淋巴细胞和干细胞标志物,由BCL11B的异常等位基因特异性失调来激活,BCL11B是胸腺T系统中的主要转录因子。从机制上讲,这种失调是由染色体重排造成的,这些重排将BCL11B与造血祖细胞中活跃的超增强子并列,或放大从BCL11B远端非编码元件产生超增强子。染色质构象分析显示,重排增强子与BCL11B等位基因的表达之间存在长时间的相互作用,BCL11B与活化的造血祖细胞顺式调节元件之间存在关联。这表明BCL11B被异常地纳入了一个基因调控网络,通过维持祖细胞状态来驱动转化。这些数据表明增强子劫持介导的原始造血细胞中异位BCL11B表达作为人类谱系不明白血病的致癌驱动因素的作用。

 

1

 

Reference:Montefiori L E , Bendig S , Gu Z , et al. Enhancer hijacking drives oncogenic BCL11B expression in lineage ambiguous stem cell leukemia[J]. Cancer Discovery, 2021:candisc.0145.2021.

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细胞图谱

 

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基因表达可视化

 

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与目标基因直接关联的推定调控元件的鉴定

细胞类型:细胞系、PBMC、新鲜组织;

细胞来源:血液提取、磁珠富集、流式分选、组织解离;

细胞数目:1x105 cells/sample

运输:2~8℃低温冷藏运输。

如客户需要,可提供上门服务。

具体的送样相关的信息详见《武汉生物样本库单细胞测序送样须知》。附:

 

     

  Q1:单细胞多组学ATAC+基因表达能够实现哪些分析?

  答:它能够对单细胞的转录组和表观基因组(使用ATAC-seq)进行同时分析,以帮助您了解不同类型细胞之间的基因如何表达和调控。

  Q2:与单独的单细胞转录组和单细胞ATAC分析相比,单细胞多组学ATAC+基因表达的灵敏度如何?

  答:在使用单细胞多组学ATAC+基因表达测试的样本类型中,当起始样本为细胞核时,ATAC和基因表达的表现与相应的10x Genomics单独流程(Chromium单细胞ATAC或Chromium单细胞基因表达)相当。

  Q3:单细胞多组学ATAC +基因表达是否与Feature Barcode技术兼容?

  答:目前,Feature Barcode技术与单细胞多组学ATAC +基因表达不兼容。

  Q4:可使用哪些类型的样本?

  答:需要细胞核悬液。从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中可以获得高质量的细胞核悬液。此分析已针对人类和小鼠样本进行优化。

  Q5:单细胞多组学ATAC+基因表达的数据是否能与单个分析的数据合并分析?

  答:是的,单细胞ATAC和单细胞基因表达数据的文件格式与单细胞多组学ATAC+基因表达兼容,可利用Seurat等第三方工具进行整合。

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  • 武汉生物样本库单细胞测序送样须知

    武汉生物样本库单细胞测序送样须知
    文件大小: 360KB 发布时间: 2022-03-10
2022-03-10 17:58:00
发布时间:2022-03-10

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