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FFPE样本空间转录组测序

FFPE样本空间转录组测序

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Q&A

      传统的空间转录组测序技术局限于新鲜冰冻组织切片,10X Genomics 推出全新的针对 FFPE 样本(福尔马林固定石蜡包埋)的 Visium 空间基因表达解决方案,该技术打破从 FFPE 组织样本中获取空间基因表达信息的壁垒,能够从 FFPE 样本中获取高灵敏度、高特异性的相关基因的表达信息及空间位置信息。Visium FFPE样本基因表达是一种开创性的解决方案,补充了传统病理学家主导的分析方法,在形态学背景下实现真正的探索发现,进一步扩展空间生物学研究的可能性。

 

  技术原理

  Visium FFPE空间基因表达是基于探针杂交的原理,从FFPE组织样本中获得组织的空间基因表达图谱,在形态学背景下实现真正的原位检测。该技术首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织形态学染色和成像,然后利用Visium基因芯片上的探针进行定量表达。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题,针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冰冻组织样本一样利用完整mRNA具有的poly(dA)序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针(RTL)与mRNA杂交,左侧探针(LHS)具有部分Read 2序列,右侧探针(RHS)具有合成的poly(A)序列,左右探针与mRNA杂交后彼此连接,而mRNA被RNase降解。通过组织透化,被连接的成对探针与芯片上包含Barcode、UMI和poly(dT)序列的引物序列捕获,然后携带空间Barcode的探针序列用于文库构建和测序,从而获得基因表达信息及空间位置信息。

 

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FFPE样本空间转录组测序芯片原理

 

  样本类型

  人类、小鼠的FFPE样本。

 

  实验流程

 

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FFPE样本空间转录组测序实验流程

 

  应用方向

  a.肿瘤异质性;

  b.组织形态学;

  c.组织发育机制;

  d.治疗干预反应;

  e.生物标志物发现;

  f.细胞图谱。

 

  产品优势

  a.重新使用已保存的或生物样本库中的样品,发现生物标记物,可进行回顾和追踪研究;

  b.使用RNA模板连接(RTL)探针确保高灵敏度和特异性,获得可靠的基因检测结果;

  c.与免疫荧光技术结合可视化蛋白与基因的表达,或结合HE染色用于形态学研究;

  d.可研究整个FFPE切片,消除与预定义感兴趣区域相关的分析限制,不错过重要的生物学信息。

持续更新中,敬请期待...

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人乳腺导管癌FFPE样本空间转录组图谱

  样本类型:目前只支持人、小鼠的FFPE样本。

  运输方式:低温或干冰运输。

  质控要求:

  ① 组织形态学检测,HE染色,确认目标区域;

  ② RNA质检,要求DV200>50%;

  样本粘附性测试,不脱片则可进行后续实验。

  Q1:除了人和小鼠的FFPE样本,还支持其余物种的FFPE样本的空间转录组测序吗?

  答:不支持。目前FFPE样本只支持人和小鼠的空间转录组测序。Visium FFPE空间基因表达解决方案为针对人和小鼠的基因设计一对捕获探针,覆盖人18,000个基因、小鼠20,000个基因。

  Q2:Visium分析需要对组织进行优化吗?

  适用于FFPE的Visium空间基因表达解决方案无需对组织进行优化。然而,适用于新鲜冰冻样本的Visium空间基因表达解决方案需要对组织进行优化,这是由于两种样本制备过程在化学和分子生物学上的差异。

  Q3:FFPE样本与新鲜冰冻组织样本相比,其空间转录组测序的数据可靠吗?

  答:10x Genomics官方经过测试,对小鼠脑FFPE与新鲜冷冻组织分别进行Visium分析发现,两种组织检测到的基因具有高度相关性,显示了Visium FFPE空间基因表达解决方案的可靠性和高灵敏度。

  • 武汉生物样本库单细胞测序送样须知

    武汉生物样本库单细胞测序送样须知
    文件大小: 360KB 发布时间: 2022-03-10
2022-03-10 17:58:00
发布时间:2022-03-10

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